Πριν προχωρήσεις σε τόσο δραστικές λύσεις, βλέπε φορμάτ, γιατί δεν κάνεις πρώτα ένα chkdsk X:/f όπου Χ = το όνομα του εξωτερικού σου δίσκου, π.χ. D, E, F.
Πιθανότερη αιτία του προβλήματός σου είναι κάποια στιγμιαία διακοπή του ρεύματος, δεν ξέρω αν έχεις UPS.
Όταν έχω κάποιο παρόμοιο πρόβλημα...