Ναι, συμφωνώ μαζί σου ότι οι σημειώσεις με «ψαχνό» λειτουργούν καλύτερα ως υποσελίδιες, σε άμεση οπτική συνάρτηση με το κείμενο. Απ' την άλλη, η απ' την αρχή αρίθμηση ανά σελίδα είναι μεγάλος μπελάς, πρώτα για το ατελιέ της σελιδοποίησης κι έπειτα για τον εκδότη που δεν συμμερίζεται τα έξοδα και την καθυστέρηση.
Επίσης θεωρώ κι εγώ πολύ λογική την ομαδοποίηση παραπομπών, όπου αυτό είναι λογικό και δυνατό. Μάλιστα θαυμάζω μια πρακτική που βλέπω σε (παλαιότερα;) βιβλία των πανεπιστημιακών εκδόσεων του Καίμπριτζ και της Οξφόρδης, όπου διαμορφώνουν το χώρο των υποσημειώσεων σε στήλες, για εξοικονόμηση χώρου. Με τον τρόπο αυτό γεμίζουν ωραία τα κενά της σελίδας, κι έτσι υπάρχει και αισθητικά καλό αποτέλεσμα. Τέτοιο πράγμα σε ελληνικό βιβλίο δεν έχω δει.