Θα υπάρχουν πολλά. Αλλά αυτό που κάνω είναι στο DOS (που, προσοχή, το ξέρω καλά):
dir c:\FolderName /s > c:\directory.txt
Το /s σημαίνει ότι περνάει και σε όλο το βάθος υποκαταλόγων. Το σύμβολο > δείχνει ότι περνάει τα ευρήματα στο αρχείο που ορίζεις (π.χ. directory.txt). Αυτό το ανοίγεις και το κάνεις ό,τι θέλεις.
Η εντολή dir έχει διάφορες παραμέτρους. Στο DOS δίνουμε dir/? για να τις δούμε.
Τώρα, για πρόγραμμα, δεν μας λες τι εννοείς ότι θέλεις να δεις «ποια λείπουν»; Σε σύγκριση/αντιπαραβολή με τι;