Ενώ γενικά αποδέχομαι τη λογική της στοχευμένης επιτάχυνσης που περιγράφει η Αλεξάνδρα υπάρχουν τρεις ισχυρές ενστάσεις που με προβληματίζουν:
(1) Τουλάχιστον σε κάποιες περιπτώσεις το φυτό είναι στείρο (ο αγρότης δεν μπορεί να συγκεντρώσει σπόρο και να ξαναφυτέψει) με αποτέλεσμα την εξάρτησή του πλέον από τη βιομηχανία παραγωγής των σπόρων του γονιδίου (μέχρι εδώ, λες έστω, είναι θέμα επιλογής).
(2) Ακόμη χειρότερα, σε κάποιες περιπτώσεις έχει αποδειχτεί ότι το νέο φυτό διώχνει το παλιό (με φυσική μεταφορά σπόρων κλπ) ακόμη και αν ο αγρότης δεν έχει επιλέξει καν να το σπείρει, με αποτέλεσμα να εξαναγκαστεί να γίνει πελάτης χωρίς να αποτελεί επιλογή του.
(3) Πολύ σοβαρή ένσταση είναι, κτγμ, και αυτή που αφορά τις γενικότερες ισορροπίες στη φύση και τη διατροφική αλυσίδα. Ένας σπόρος ενισχυμένος εναντίον του εντόμου Χ π.χ. είναι μεν πιο αποδοτικός, αλλά ενδεχομένως εξαφανίζει το έντομο Χ που αποτελεί τροφή κάποιου πτηνού Π ή αφήνει χώρο δράσης για το ανταγωνιστικό έντομο Υ που είναι επιβλαβές για άλλη καλλιέργεια κ.λπ. Με τη φυσική επιλογή η μεταβολή δεν είναι τόσο ραγδαία, άρα τα συστήματα βρίσκουν χρόνο να ισορροπήσουν, π.χ. το πτηνό Π να εισαγάγει στη διατροφή του και το έντομο Υ.